La historia comienza con una resumida historia de cómo Yugi Muto está armando el Rompecabezas del Milenio y, al mismo tiempo, cómo unos excavadores comienzan a buscar la tumba de Anubis (dios de los muertos y antiguo rival del faraón). Cuando Yugi logró terminar el Rompecabezas, se despertó al mismo tiempo a Anubis, el cual enterró a todos los excavadores; Yugi, por otra parte, despertó a cierto tipo de bestias (monstruos del duelo de cartas) que salieron del rompecabezas, pero al mismo tiempo se despertó Yami Yugi, el cual calmó la ira de los monstruos y los devolvió al rompecabezas. PIRAMIDE DE LA LUZ La historia vuelve a comenzar con la búsqueda de Seto Kaiba sobre cómo derrotar a los dioses egipcios de Yugi, llegando a suponer que la respuesta la encontraría con Pegasus. Mientras tanto, Pegasus, tenía una pesadilla ver Yu-Gi-Oh!: Pyramid Of Light 2004 en la que los dioses egipcios eran encerrados ver Yu-Gi-Oh!: Pyramid Of Light 2004 en una pirámide, mientras que Anubis le pone una carta ver Yu-Gi-Oh!: Pyramid Of Light 2004 en su baraja. Seto va a enfrentarse contra Pegasus ver Yu-Gi-Oh!: Pyramid Of Light 2004 en un duelo, donde lo derrota y le quita dos cartas, (Pirámide de Luz y el Dragón Brillante de Ojos Azules), pero Pegasus diría que solo había una....
