Cinco años después del final de la anime serie de televisión la paz ha vuelto de nuevo animes al Sistema Solar. Los Jovianos y los Terrícolas se han unido para prosperar. Aunque los misteriosos Sucesores Marcianos acechan ver Kidou Senkan Nadesico: The Prince Of Darkness 1998 en las sombras e intentarán volver a luchar por guerras del pasado y así obtener poder sobre ambas partes. La temible Ruri Hoshino y su Nadesico-B son la única opción terrestre para enfrentarse al enemigo. Aunque para ganar necesitarán la ayuda de un misterioso piloto de robots. .
