Después de salvar la tierra de Esteria del malvado sacerdote Dark Fact, Adol Christen viaja junto con dos sacerdotisas a la tierra flotante de Ys, donde el mal tiene aún una gran influencia sobre la gente y donde nadie tiene esperanza. El futuro de Ys recae ver Ys: Tenkuu No Shinden - Adol Christine No Bouken 1993 en Adol, el heredero de los poderes de los sacerdotes y el único que puede mostrar la verdad a la gente de Ys sobre su mundo. Pero, como el poder de Adol crece, él no sólo puede ser el que salvará a Ys, sino también, quien podría destruirlo.
