Kamui es un ninja del período Edo durante el gobierno del cuarto miembro del Shogunato Tokugawa, Ietsuna Tokugawa entre 1651 y 1680, que decide desertar de su clan. Al hacerlo es acosado por los demás miembros del mismo; quienes quieren matarlo por considerarlo un traidor. Por eso Kamui debe vagar constantemente por Japón para escapar de ellos y usar toda su inteligencia y grandes habilidades para sobrevivir. En el transcurso de la anime serie Kamui comienza a sufrir de paranoia como consecuencia de su situación de perseguido. Kamui desconfía de la gente al creer que todos ellos quieren asesinarlo. La anime serie transcurre ver Kamui El Ninja Desertor 1969 en tonos grises y un ambiente triste, quizás reflejando la miseria, pobreza y violencia de este período ver Kamui El Ninja Desertor 1969 en especial de la historia de Japón.
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