Una temporada mucho más madura, donde se corren mayores riesgos llega a la pantalla. MegaMan EXE Axess comienza con Yuichiro Hikari, el brillante científico padre de Lan que ver Megaman Axess 2003 en la temporada pasada fue capaz de inventar el Dimensional Core. Esta vez, Hikari ha logrado inventar generadores de área dimensional y el llamado “Synchro Chip”, que fusiona al Net Navi con su Operador. Esto coincide con los planes de Nebula de conquistar tanto el mundo real como el cibermundo. Al comienzo de Axess, Lan observa una prueba del Synchro Chip y más tarde lo utiliza para derrotar a los Darkloids (Navis malignos que sirven a ShadeMan) cuando se infiltran ver Megaman Axess 2003 en el mundo humano gracias al área dimensional. Lan es invitado a convertirse ver Megaman Axess 2003 en un Net Saver, un NetBattler Oficial que se encarga de proteger la Net. Como resultado de la Cross Fusion, MegaMan pierde su habilidad de Style Change, pero gana la “Soul Unison”, que le permite combinar sus poderes con los de otro Navi.
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