Esta producción es una adaptación de la novela homónima de Masayuki Kawaguchi, cuya historia gira alrededor de un chico de sexto grado de nombre Yuta durante sus vacaciones de verano, el cual perdió a su padre ver Nijiiro Hotaru: Eien No Natsuyasumi en un accidente de tráfico justo un año antes. Ese año decide visitar el lugar al cual El y su padre solían visitar para recoger escarabajos ver Nijiiro Hotaru: Eien No Natsuyasumi en las cercanías de una presa, sin embargo ver Nijiiro Hotaru: Eien No Natsuyasumi en esta ocasión durante una tormenta, un rayo lo golpea directamente y se desmaya, cuando despierta una joven esta a su lado y se encuentra ver Nijiiro Hotaru: Eien No Natsuyasumi en pequeño pueblo. Yuta descubre que ha retrocedido 30 años ver Nijiiro Hotaru: Eien No Natsuyasumi en el tiempo y que la presa aun se encuentra inconclusa, de esa manera inician sus nuevas vacaciones.