En Japón, durante la Era Tokugawa, toma lugar una persecución de cristianos bajo las órdenes de fuerzas gubernamentales. Yagyu Jubei Mitsuyoshi es asignado junto a un comando de ninjas para tomar control de una ciudad que ha caído bajo el mando de un joven cristiano llamado Amakusa Shiro, lider de la rebelión Shimabara y considerado por algunos como el próximo Salvador. Poco después de que Amakusa es asesinado, y siguiendo lo predicho por una profecía, su espíritu regresa a la tierra e inicia una masacre demoniaca ver Ninja Resurrection 1998 en venganza de sus compañeros caídos, masacre que Jubei se dispone a detener.
Otro Nombre: Makai Tenshou
