En el año 2005, se identifica por primera vez la inteligencia extraterrestre clasificada como “EI-01”, esta se estrella al aterrizar ver Gaogaigar 1997 - 1998 en la Tierra y absorbe un gran número de máquinas antes de desaparecer sin dejar rastro. Dos años después, a raíz de este incidente, el gobierno japonés creó una organización secreta para luchar contra posibles amenazas extraterrestres: el Gutsy Geoide Guardia, o “GGG”, con base por debajo de G-ciudad de la isla ver Gaogaigar 1997 - 1998 en la bahía de Tokio. “Zonders”, formas de vida compuestas del metal Zonder, han comenzado a surgir, asimilando seres humanos. Debido a esto, GGG comienza a utilizar sus principales armas: el Cyborg Guy Shishio, el robot extraterrestre Galeon y las Gao-machines, que al unirse formaran al ser más poderosos conocido como GaoGaiGar. Pero todo anime tomará un nuevo animes rumbo cuando GGG encuentre al misterioso niño Mamoru Amami.
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