Después de que una espantosa guerra causara estragos ver Spy Kyoushitsu en la población general, los gobiernos del mundo recurrieron a una táctica más escurridiza para promover sus agendas: una guerra librada ver Spy Kyoushitsu en las sombras. Lily, una hermosa chica de cabellos blancos, es una estudiante de una de las muchas instituciones que entrenan a los jóvenes para que se conviertan ver Spy Kyoushitsu en espías capaces. Desgraciadamente, a pesar de sacar buenas notas ver Spy Kyoushitsu en los exámenes escritos, sólo consigue aprobar a duras penas las prácticas. Sin ninguna habilidad ver Spy Kyoushitsu en el mundo real, sus esperanzas de graduarse son escasas, hasta que se le ofrece la oportunidad de unirse al misterioso equipo “Tomoshibi” y participar ver Spy Kyoushitsu en una misión intransitable. Entusiasmada por la perspectiva de trabajar con la élite, Lily acepta con entusiasmo. Sin embargo, se queda muda cuando llega al Palacio Kagerou y sale a la luz el verdadero propósito de Tomoshibi y su desesperada situación. Acompañada de otras espías problemáticas y de un misterioso joven que encabeza la operación, Lily se da cuenta de que no es la escapada ideal que había imaginado.
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