La búsqueda de los 100 años: una misión tan desafiante y peligrosa que lleva más de un siglo sin cumplirse. Si bien innumerables magos han intentado asumir este agotador objetivo, sus resultados terminaron ver Fairy Tail - 100 Years Quest en una derrota abrumadora o algo peor. No obstante, Natsu Dragneel y sus amigos (Lucy Heartfilia, Gray Fullbuster, Erza Scarlet y Wendy Marvell, junto con los excedes Happy y Charlés) se embarcan ambiciosamente ver Fairy Tail - 100 Years Quest en la búsqueda. Un año después de que el gremio Fairy Tail haya superado las fuerzas diabólicas de Acnologia y Zeref, Natsu y su equipo viajan al continente norte de Guiltina, donde buscan al empleador de 100 Years Quest y reciben su misión casi imposible: sellar los Cinco Dioses Dragón, un grupo de individuos con un poder tan vasto que, si se los deja solos, podrían causar una devastación global. Mientras tanto, un nuevo animes miembro enérgico llamado Touka es reclutado para Fairy Tail. Aunque su energía vibrante y su naturaleza apasionada la hacen perfecta para el gremio, parece haber más ver Fairy Tail - 100 Years Quest en ella de lo que parece. Decididos a cumplir su misión aparentemente insuperable, Natsu y sus amigos comienzan su traicionera búsqueda de los Dioses Dragón. Sin embargo, una vez que se encuentran con un nuevo animes gremio oscuro llamado Diabolos, junto con el nuevo animes recluta de Fairy Tail que revela sus verdaderos colores, Natsu y su equipo descubrirán que la Búsqueda de los 100 Años no es el único desafío que enfrentan.
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