La historia nos sitúa justo antes de que Ciudad Académica finalice la construcción del “Endymion”, el ascensor espacial. Touma e Index conocerán a una chica Nivel 0 llamada Arisa. Los Magos van tras ella y atacan Ciudad Académica. Una chica llamada Sattoaura será la que lidere una unidad de Ciudad Académica para repeler el ataque. Touma e Index descubren gracias a Stiyl que Arisa es la clave de una guerra que hay entre el bando de la Ciencia y el de la Magia.
