En un futuro lejano ver Seikai No Senki 2000 en el que la humanidad ha avanzado por toda la galaxia, el mundo está formado por naciones de varias estrellas. La nación mas poderosa es el "Imperio Abh". Los Abh tienen un físico mejor adaptado para la vida ver Seikai No Senki 2000 en el espacio gracias a la manipulación genética. No obstante, la armada del "Imperio Humano" pretende recuperar su supremacía. La historia comienza con un ataque sorpresa a los Abh.
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