La historia esta protagonizada por Kaito Kuroba, un estudiante de instituto y aficionado a la magia, cuyo padre murió ver Magic Kaito 1412 2014-2015 en circunstancias misteriosas ocho años antes. Ahora, Kaito es consciente de la verdadera identidad de su padre: Un famoso criminal internacional conocido frecuentemente por la policía japonesa como "Ladrón Fantasma". Un día, Kaito descubre que su padre no murió ver Magic Kaito 1412 2014-2015 en un accidente como le habían hecho creer, sino que fue asesinado por una organización a la que se negó a ayudar para conseguir la Gema de Pandora, una piedra mística que se dice que derramará una "“lágrima" cuando un cierto cometa pase cerca de la Tierra y quien beba de esa lágrima, conseguirá la juventud eterna. Kaito jura que impedirá que la organización que mato a su padre consiga acceso a la inmortalidad y asume el rol de Kaito Kid para poder encontrar la gema. Sus únicas pistas sobre ella son que brilla ver Magic Kaito 1412 2014-2015 en rojo bajo la Luna y que es doble, es una gema dentro de una gema más grande. Así comienza a robar todo anime tipo de gemas de zonas muy bien protegidas, las pone a la luz de la Luna llena, y si no son la Gema de Pandora, se las devuelve a sus dueños.
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