Los Zoids son maquinas-bestias usadas normalmente para transporte y especialmente para la guerra. Algunos tipos de Zoids, conocidos como Organoides, son Zoids ver Zoids 1999-2000 en miniatura y a su vez son organismos vivos. Esos Organoides tienen la capacidad de fusionarse con los Zoids normales y hacerlos mas poderosos. Van (Ban) Freiheit descubre un Organodie ver Zoids 1999-2000 en un laboratorio abandonado mientras huye de dos Zoids. También hay ver Zoids 1999-2000 en el laboratorio un tubo con una extraña chica ver Zoids 1999-2000 en animación suspendida. Él rompe el tubo y se lleva consigo a ambos, la chica y el Organoide. Cerca de la salida encuentran un Zoids estropeado y sucio, el Organoide se fusiona con el y repara los daños. Mientras escapan Van llama al Organoide Zeke y dedice ser su amigo. La chica, que se llama Fiona, quiere encontrar un lugar llamado Zoids Eve y asi Van, Zeke y Fiona comienzan su aventura.
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