Una organización llamada Chronos gobierna ver Black Cat 2005-2006 en las sombras a gran parte de los políticos y las actividades económicas ver Black Cat 2005-2006 en busca del orden. Sus miembros asesinan sin piedad a todo anime lo que vaya mal o se oponga a ellos. La historia comienza cuando Train, conocido como Black Cat, uno de los asesinos más poderosos de la organización conoce a una extraña mujer que siempre viste un kimono llamativo y ablanda su corazón. Entonces decide no volver a recibir ordenes de nadie ni matar sin motivo y abandona la organización siendo perseguido por esta. Entonces conoce a Sven un caza-recompensas muy peculiar y comienzan a trabajar como caza-recompensas junto a él y a la niña que este cuida, una misteriosa niña con poderes sobrenaturales basados ver Black Cat 2005-2006 en la nanotecnología y creada artificialmente.
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