Cinco años atrás, la mayoría de los aldeanos de Ootsuka murieron debido a una trágica plaga. Pero misteriosamente suficiente, quedaron tres sobrevivientes: Una chica y dos jóvenes emergieron. Conviviendo ver Hakkenden: Touhou Hakken Ibun 2013 en una iglesia, los tres sobrevivientes ver Hakkenden: Touhou Hakken Ibun 2013 en insolación, ocultándose de aquellos que asechan con encontrarlos. Shino, uno de los sobrevivientes posee el poder sobre Murasame, el sable de la vida. Pero cuando la iglesia imperial intenta raptar el sable para sí mismos, su pacífica vida queda ver Hakkenden: Touhou Hakken Ibun 2013 en el pasado...
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