Todo comienza cuando un estudiante de bachillerato, Kazuki Muto (武藤カズキ, Mutō Kazuki?) es asesinado al intentar salvar a una misteriosa chica que vestía un uniforme extraño, de un monstruo gigante. Aunque al despertar piensa que todo anime fue un sueño, pronto descubre que todo anime era cierto y que aquella chica lo revivió utilizando como reemplazo de su corazón un artefacto con poderes alquimicos llamada Kakugane. A partir de este momento Kazuki se involucra ver Busou Renkin 2006-2007 en el mundo de la alquimia y deberá decidir entre dejar ese recuerdo ver Busou Renkin 2006-2007 en el pasado o dedicar su vida a pelear contra las bestias devora-humanos llamadas homúnculos.
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