La historia nos ubica ver .hack//roots 2006 en el año 2016 donde después de un incendio la corporación CC logra relanzar su juego de roles ver .hack//roots 2006 en línea ahora mejorado. Todo comienza cuando Haseo un jugador novato empieza a jugar The Wolrd:R2(version mejorada del primer juego The World) por desgracia es atacado por unos PK (player killers) pero es salvado por Ovan, un misterioso hombre quien le propone el unirse a su equipo conocido como Twilight Brigade (la brigada del crepúsculo) tras pensarlo un poco Haseo se decide por unirse, los miembros de esta brigada tienen como propósito el obtener un objeto llamado the twilight key (la llave del crepúsculo). La historia transcurre 8 meses antes del juego .hack//G.U. siendo así una presecuela del juego.
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