Yumi Ikoma y Ryou Masaoka son niños que han sido seleccionadas para participar ver Soukyuu No Fafner: Right Of Left 2005 en una mision de alto secreto, para ser los pilotos de las primeras unidades de combate Fafner; la ultima oportunidad para la supervivencia de la raza humana. El enemigo es despiadado, implacable y es capaz de leer la mente de los seres humanos. Por lo tanto, los detalles de esta mision se mantienen ver Soukyuu No Fafner: Right Of Left 2005 en secreto, incluso desde el personal involucrado. Los jovenes pilotos deben usar todo anime su valor y fe para sobrevivir y completar su mision y el destino de la humanidad se veria comprometida.
