Zoey Hanson y cuatro chicas más Corina Bucksworth, Bridget Verdant, Kikki Benjamin y Reneé Roberts tienen su ADN misteriosamente combinado con el de animales ver Tokyo Mew Mew 2004 en peligro de extinción, ganando habilidades especiales y una extraña apariencia. Más adelante descubren que han sido seleccionadas para proteger la Tierra de un grupo de alienígenas de otro planeta. Los nombres de los enemigos son Dren, Tarb y Sardon. Su líder es el misterioso Deep Blue. Dren, Tarb y Sardon tienen la habilidad de crear monstruos llamados Predácitos inyectando unas criaturas llamadas "infusores" ver Tokyo Mew Mew 2004 en animales y plantas, haciéndolos más poderosos. El trabajo de las chicas es derrotar a los Predacitos y salvar al mundo de los aliens. Cuando ellas lo logren, entonces podrán volver a ser chicas normales...
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