Secuela de Mahou Shoujo Lyrical Nanoha The Movie 1st. Han pasado 6 meses desde el incidente con Precia Testarossa. Nanoha Takamachi lleva viviendo una vida normal como cualquier niña de su edad aunque de vez ver Magical Girl Lyrical Nanoha: 2nd A'S The Movie 2012 en cuando practica algo de magia.Chrono ahora forma parte de la tripulación del Asura. Arf y Fate por su parte, están a la espera del veredicto de su juicio por haber participado ver Magical Girl Lyrical Nanoha: 2nd A'S The Movie 2012 en la busqueda de las Jewel Seeds aunque mantienen contacto con Nanoha vía e-mail. Las cosas parecen marchar ver Magical Girl Lyrical Nanoha: 2nd A'S The Movie 2012 en paz cuando repentinamente Nanoha es atacada de súbito por una extraña niña que se hace llamar Vita y que pertenece a un grupo llamado "Wolkenritter" que custodian un misterioso libro llamado "el libro de la oscuridad" el cual se alimenta con magia al usar los "Linker Cores" de los magos como alimento para llenar sus páginas las cuales están ver Magical Girl Lyrical Nanoha: 2nd A'S The Movie 2012 en blanco y que dotará de poderes destructivos a quien lo posea.Una nueva animes batalla comienza y Nanoha ver Magical Girl Lyrical Nanoha: 2nd A'S The Movie 2012 en esta oportunidad no estará sola