La historia nos cuenta la historia de un joven llamado Jaden Yuki , quien hace su examen para ingresar ver Yu-Gi-Oh! Gx 2006-2008 en la Academia de Duelos, donde se enseña a jugar el Duelo de Monstruos, y así llegar a convertirse ver Yu-Gi-Oh! Gx 2006-2008 en el Rey de los Juegos. La academia está repartida ver Yu-Gi-Oh! Gx 2006-2008 en tres estancias: Obelisco Azul, Ra Amarillo y Slifer Rojo y el Cuarto Blanco(usado por los adeptos de Sartorius). Al ir a su examen, Jaden se choca con un adulto Yugi Muto, quien le regala la carta del Kuriboh Alado. A pesar de haberse retrasado un poco, a Jaden se le permite hacer el examen de admisión para el ingreso, tocándole como rival el Dr. Crowler, uno de los profesores de la Academia de Duelo, quien cuenta con un doctorado ver Yu-Gi-Oh! Gx 2006-2008 en duelos. A pesar de que Crowler parece de tener un superioridad desde el principio, Jaden logra derrotarlo y así poder ingresar a la Academia de Duelos. A pesar de haber vencido a Crowler, Jaden es llevado al cuarto del Slifer Rojo debido a sus malas notas ver Yu-Gi-Oh! Gx 2006-2008 en el examen teórico.
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