Saya es la última de los vampiros ver Blood: The Last Vampire 2000 en este mundo. El ejercito de los Estados Unidos la protege y usa para cazar a unos seres de apariencia humana, que se alimentas de la sangre humana llamados "quirópteros". En su última misión, Saya debe cazar a una de estas bestias que parece estar atacando a miembros de una base naval norteamericana ver Blood: The Last Vampire 2000 en Japón. Antes de poder matarlo, Saya primero tiene que saber quién es el quiróptero, y se ve forzada a acudir como alumna a la escuela de la base.