En un futuro cercano, los océanos han inundando la mayor parte de la tierra, matando a miles de millones de personas, debido a las acciones del científico Zorndyke. La mayoría de las ciudades que quedaron de pie, fueron posteriormente atacadas por el Ejército de Chiron perteneciente a Zorndyke. Ahora, la humanidad lucha por sobrevivir contra las creaciones producidas por Zorndyke. La mayor esperanza que tiene la humanidad de solucionar el conflicto recae ver Ao No 6-Gou 1998 en su fuerza élite de submarinos Clase Azul.
