La historia trata a Nakoruru, quien deseosa de no tener que pelear,se encuentra accidentalmente con Shiki, que se ha liberado del poder de Yuga: El destructor, pero el demonio Asura va ver Samurai Spirits 2: Asura Zanmaden 1999 en su busqueda para regresarla al mundo de las tinieblas a manos de Yuga pero tiene que enfrentarse a Haohmaru y Nakoruru primero.
