Después de haber bajado a tierra dos años, Cobra sale vivo después de ocultarse tras un encuentro con la cazarrecompensas Jane Flower y se ve inmerso ver Space Adventure Cobra The Movie 1982 en una confrontación directa con el Gremio Galáctico, una gran organización criminal dirigida por Lord Necron, una macabra representación de un muerto viviente. A petición de Jane, el dúo viaja a una prisión llamada Seedo y Cobra se infiltra, y allí está prisionera la hermana de Jane, Catherine, pero no quiere ser liberada...