Un extraño fenómeno está ocurriendo ver Aika: Zero 2009 en la Academia de chicas donde están las protagonistas de Agent Aika, pero con 19 años. Chicas pertenecientes a la Academia, son abducidas por unas extrañas fuerzas, que toman el control de sus mentes. Aika y sus amigas, tratarán de investigar y descubrir que hay detrás de estas abducciones.
Otro Nombre: AIKa ZERO