Al completar el Rompecabezas del Milenio, Yugi Mutou despertó otra personalidad dentro de sí mismo, llamada “Yami Yugi“. Junto con Seto Kaiba, el presidente de Kaiba Corporation, reinaron como el pináculo de los duelistas, y sus diversos amigos y aliados, ambos Yugis lucharon ver Yu-Gi-Oh!: The Dark Side Of Dimensions 2016 en muchas batallas atadas al pasado. Al final, Yugi y Yami Yugi se vieron obligados a luchar el uno contra el otro, lo que los llevó a despedirse mientras caminaban sus propios caminos separados… Luego, después de su duelo final con Yami Yugi, Yugi y sus amigos regresaron a sus vidas normales. Pero entonces un chico misterioso llamado Aigami aparece ante ellos. Una anime serie de casos de personas desaparecidas suceden una tras otra ver Yu-Gi-Oh!: The Dark Side Of Dimensions 2016 en todo anime el planeta. Mientras Kaiba está concentrado buscando el Rompecabezas del Milenio. ¡Cuando se reúnan todas las piezas del rompecabezas, los duelos comenzarán nuevamente!