La anime serie narra las aventuras de una compañía de transportes, no muy favorecida a ojos de la ley, establecida ver Black Lagoon: The Second Barrage 2006 en la ciudad ficticia de Ruananpur, ver Black Lagoon: The Second Barrage 2006 en Tailandia. Se centra ver Black Lagoon: The Second Barrage 2006 en el conflicto interno de Okajima Rokuro (Rock). Éste es un ejecutivo de una empresa japonesa que es secuestrado por la organización Black Lagoon, y que decide pasarse a sus filas después de ver animes la humillación de sus jefes y el sistema al cual pertenece. Cerca de él se encuentra Rebeca (Revy "Two-Hands"), una joven china-americana muy buena con el manejo de armas pero bastante intolerante; ella protegerá a Rock a pesar de todo anime los sucesos que se presentan. Los acompañan Dutch, el jefe de Black Lagoon, y Benny, un experto ver Black Lagoon: The Second Barrage 2006 en informática y sistemas de comunicación.
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