La historia comienza con la llegada, ver Choujikuu Yousai Macross 1982 en el año 1999, de una nave alienígena, que luego de un violento ingreso atmosférico, cae sobre la isla de Ataria Sur, ver Choujikuu Yousai Macross 1982 en el Océano Pacífico. Después de una investigación inicial y debido a lo descubierto ver Choujikuu Yousai Macross 1982 en la nave, una coalición internacional de países, conocida como United Nations Goverment (UN), inicia un proyecto armamentístico ver Choujikuu Yousai Macross 1982 en el que se incluye la restauración e investigación de la tecnología hallada ver Choujikuu Yousai Macross 1982 en la nave bautizada previamente como ASS-1 (Alien Star Ship-1) y que posteriormente después de su restauración sería rebautizada como SDF-1 Macross. En 2009, durante la ceremonia de finalización del proyecto se produce la llegada de los Zentradi, raza alienígena de gigantes similares ver Choujikuu Yousai Macross 1982 en su aspecto a los humanos pero con una sociedad basada totalmente ver Choujikuu Yousai Macross 1982 en la guerra. La nave restaurada bautizada con el nombre de SDF-1 Macross se enciende sola y dispara contra las naves que se aproximan...
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