En el año 2008, una gigantesca fuerza espacial integrada por los Zentradi (hombres) y sus eternas rivales las Meltrandi (mujeres), ambos seres biónicos gigantes creados por una raza ya extinguida que solo viven para luchar feroces guerras, se enfrentan a Macross. Macross, la más poderosa nave guerrera se enfrenta a ellos ver Choujikuu Yousai Macross: Ai Oboete Imasuka 1984 en una lucha desesperada por sobrevivir y salvar a todos los humanos que la habitan (que son miles), los cuales pueden ser los únicos sobrevivientes de la raza humana ya que no se sabe que sucedió con la gente del planeta Tierra... Se generan violentas luchas entre todos con mechas (naves) increíbles y escenas que quitan el aliento. Pero los extraterrestres tienen parte de una placa que puede ser la salida a tanto caos. Un triángulo amoroso entre un piloto de élite, una comandante de Macross y una joven estrella de TV puede dar la solución para salvar la humanidad.
